如果是协议离婚，根据《婚姻登记条例》规定，内地居民自愿离婚的，男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻登记机关办理离婚登记。也就是说，若双方户口都不在新疆，无法在新疆的婚姻登记机关办理协议离婚。若一方户口在新疆，双方可携带本人的户口簿、身份证，本人的结婚证，双方当事人共同签署的离婚协议书，到新疆一方户口所在地的婚姻登记机关申请离婚登记。自婚姻登记机关收到离婚登记申请并向当事人发放《离婚登记申请受理回执单》之日起三十日冷静期内，任何一方反悔都可持本人有效身份证件和《离婚登记申请受理回执单》，向受理离婚登记申请的婚姻登记机关撤回离婚登记申请，并亲自填写《撤回离婚登记申请书》。经婚姻登记机关核实无误后，发给《撤回离婚登记确认单》，并将离婚登记申请书等相关材料存档。自离婚冷静期届满后三十日内，双方未共同到婚姻登记机关申请发给离婚证的，视为撤回离婚登记申请。冷静期届满后三十日内，双方应当持相关规定的证件和材料，共同到婚姻登记机关申请发给离婚证，经审查符合条件的，予以登记，发给离婚证。
若是诉讼离婚，根据《民事诉讼法》规定，对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。如果被告在新疆连续居住满一年以上，视为其经常居住地在新疆，原告可以在新疆的有管辖权的法院提起离婚诉讼。原告需向法院提交起诉状、结婚证、身份证、证明夫妻感情破裂等相关证据材料。法院受理后，会进行调解，若调解无效且认定夫妻感情确已破裂，会判决准予离婚。
《婚姻登记条例》对协议离婚的管辖地和程序作出明确规定，旨在保障离婚登记的规范性和严肃性，同时设置离婚冷静期也是为了避免冲动离婚，维护婚姻家庭的稳定。而《民事诉讼法》关于管辖的规定，是为了合理确定案件的受理法院，方便当事人诉讼和法院审理案件。在异地新疆办理离婚手续时，严格遵循这些法律规定，能确保离婚程序合法、公正地进行，保障当事人的合法权益。
