在处理这种情况时，法院会综合考虑各种因素来判决离婚和抚养权问题。法院会考虑男方的肺结核对孩子的健康和安全是否构成威胁。如果男方的肺结核已经被有效控制并且不会对孩子的健康造成明显危害，那么他可能有权继续与孩子保持亲子关系。
如果男方的肺结核对孩子的健康构成重大威胁，法院可能会考虑剥夺他的抚养权。在这种情况下，法院可能会判决女方独自担负孩子的抚养责任。
法院还会考虑双方的具体情况和利益，以及孩子的最佳利益。如果女方有能力并愿意负责孩子的抚养，法院可能会判决她担负主要的抚养责任。如果男方能够提供适当的抚养条件并且愿意履行父亲的责任，法院可能会判决共同抚养权。
法院还可能考虑孩子与父母的亲子关系和亲子权益。如果孩子与父亲的关系良好，并且离开父亲对孩子的心理和情感发展会产生负面影响，法院可能会判决保持父子关系。
判决男方有肺结核离婚孩子的抚养权问题是一个复杂的问题，需要综合考虑各种因素。法院将根据男方的肺结核对孩子的健康威胁程度、双方的具体情况和利益、孩子的最佳利益以及父母与孩子的亲子关系等因素来做出判决。