物流公司亏空的赔偿问题需要根据具体情况来确定。如果是由于物流公司自身管理不善、违规操作等原因导致亏空，应当对受损方承担赔偿责任。
要明确亏空的原因和责任归属。可能是运输过程中的货物损失、延误导致的违约赔偿、财务账目混乱等。
查看双方签订的合同条款。合同中通常会对可能出现的亏空情况以及相应的赔偿方式和标准有所约定。如果合同明确规定了赔偿细则，那么应当按照合同执行。
如果合同没有明确规定或者规定不清晰，那么需要根据相关法律法规来确定赔偿责任和金额。例如，对于货物损失，可能需要根据货物的价值、市场价格等因素来计算赔偿金额。
此外，如果亏空导致了客户的商业损失，比如因为货物延误错过了销售时机，赔偿可能还需要包括这部分间接损失，但证明间接损失的难度通常较大。
在处理物流公司亏空赔偿问题时，主要依据《中华人民共和国民法典》中关于合同、侵权责任等相关规定。合同是双方权利义务的重要依据，如果一方违反合同约定导致另一方受损，违约方应当承担违约责任。在侵权责任方面，如果物流公司的过错行为造成了他人的财产损失，也应当承担侵权赔偿责任。同时，对于赔偿金额的确定，需要综合考虑损失的直接性、可预见性、因果关系等因素。如果双方无法协商解决赔偿问题，可以通过诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
