如果工厂工人失踪，处理赔偿问题需要分情况来看。如果工人在工作时间和工作场所内失踪，工厂应积极配合寻找，并及时通知家属和相关部门。如果最终确认工人遭遇不幸，可能构成工伤，工厂需要按照工伤赔偿的标准进行赔偿。具体赔偿项目包括丧葬补助金、供养亲属抚恤金和一次性工亡补助金。
丧葬补助金为 6 个月的统筹地区上年度职工月平均工资。供养亲属抚恤金按照职工本人工资的一定比例发给由因工死亡职工生前提供主要生活来源、无劳动能力的亲属。标准为：配偶每月 40%，其他亲属每人每月 30%，孤寡老人或者孤儿每人每月在上述标准的基础上增加 10%。核定的各供养亲属的抚恤金之和不应高于因工死亡职工生前的工资。一次性工亡补助金标准为上一年度全国城镇居民人均可支配收入的 20 倍。
根据《工伤保险条例》的规定，职工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。工人失踪如果与工作有关，且最终确认死亡，符合工伤认定的条件。工厂作为用人单位，应当承担相应的赔偿责任。同时，在处理此类问题时，应当遵循法律程序，及时申报工伤，保障工人及其家属的合法权益。如果工厂未依法为工人缴纳工伤保险，那么所有的赔偿费用都应由工厂承担。如果工厂缴纳了工伤保险，部分赔偿项目由工伤保险基金支付，部分由工厂支付。
