如果船撞石头导致了损失，赔偿的处理方式通常取决于多个因素。需要明确事故的责任归属。如果是由于船员操作不当导致船只撞击石头，船方可能需要承担主要责任。但如果石头的位置存在不合理或者未被相关部门有效标识警示，那么相关管理部门可能也要承担一定责任。
在确定责任后，要对损失进行评估。包括船只的损坏程度、维修费用、船上货物的损失、人员伤亡（如果有的话）以及可能造成的环境污染等方面的损失。
对于船只的损坏，船主需要找专业的评估机构或者维修厂进行定损和维修报价。货物损失则需要根据货物的价值、受损程度进行评估。人员伤亡的赔偿包括医疗费、误工费、伤残赔偿金等。如果造成了环境污染，还可能需要承担相应的环境治理费用。
如果船方购买了相应的保险，例如船舶保险、货物保险、人员保险等，可以向保险公司申请理赔。保险公司会根据保险合同的约定和事故的实际情况进行赔偿。
在这种情况下，主要涉及的法律包括《海商法》等相关法律法规。根据法律规定，责任的认定和赔偿的计算都有明确的原则和方法。在责任认定方面，要综合考虑各方的过错程度、行为与损害结果之间的因果关系等因素。赔偿的计算则要依据损失的实际情况和相关法律规定的赔偿标准。如果涉及多方责任，还需要根据各自的责任比例来确定赔偿份额。同时，如果对于赔偿的数额和责任的认定存在争议，可以通过协商、调解、仲裁或者诉讼等方式来解决。
