如果医疗设备进水导致损坏，赔偿问题需要根据具体情况来确定。首先要明确设备进水的原因，如果是由于医疗机构自身的管理不善、操作失误或者设备存放环境不当等原因导致的，医疗机构通常需要自行承担维修或更换设备的费用。
如果是因为第三方的过错，比如外部施工造成水淹、其他人员的故意破坏等，那么第三方应当承担赔偿责任。赔偿的范围通常包括设备的维修费用、更换新设备的费用，如果设备损坏导致医疗机构的业务受到影响，还可能包括相应的营业损失。
在确定赔偿金额时，需要考虑设备的原值、折旧程度、维修成本以及可能产生的间接损失等因素。如果双方对赔偿金额存在争议，可以通过协商、调解、仲裁或者诉讼等方式解决。
在这种情况下，主要涉及的法律问题包括侵权责任和合同责任。如果是第三方的侵权行为导致设备进水损坏，那么根据《民法典》中的侵权责任编，侵权人应当承担侵权损害赔偿责任。如果医疗机构与设备供应商之间存在合同关系，且合同中对设备的质量、维护、损害赔偿等有明确约定，那么双方应当按照合同的约定来处理赔偿事宜。
同时，如果通过诉讼途径解决纠纷，需要提供充分的证据来证明设备进水的原因、损失的程度以及责任的归属等问题。证据可以包括现场照片、相关人员的证言、设备的检测报告、维修记录等。
